เดิมชื่อว่า ศูนย์บำบัดรักษายาเสพติดปัตตานี เป็นโรงพยาบาลเฉพาะทางด้านยาเสพติด ในสังกัด สถาบันธัญญารักษ์ กรมการแพทย์ กระทรวงสาธารณสุข ตั้งอยู่เลขที่ 294 หมู่ 6 ถ.ปากน้ำ ต.รูสะมิแล อ.เมืองปัตตานี จ.ปัตตานี เริ่มดำเนินการ ก่อตั้งปี พ.ศ. 2533 จากการประชุมร่วมกัน ระหว่างศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศอ.บต.) และคณะกรรมการเฉพาะกิจเพื่อพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ เริ่มเปิด ให้บริการปี พ.ศ. 2539 ในปี พ.ศ.2541 นายพลากร สุวรรณรัฐ ผู้อำนวยการ ศอ.บต. ในขณะนั้น ได้เข้าเยี่ยมศูนย์ ฯ พร้อมเสนอแนะตั้งชื่อว่า “บ้านปากน้ำ” เพื่อให้ผู้ป่วยที่เข้ารับการบำบัดรักษา